Estes três conselhos superiores são os órgãos encarregados da gestão e da disciplina das respectivas magistraturas, isto é, controlam e fiscalizam a actividade dos magistrados, respeitando o nível de autonomia próprio de cada uma das magistraturas em causa. Os juízes possuem estatuto de independência, imparcialidade e não responsabilização pelas suas decisões, tanto dentro do sistema judicial quanto perante entidades externas. Já o Ministério Público tem uma hierarquia organizada em torno do Procurador-Geral da República, integrando-se o Conselho Superior do Ministério Público na estrutura da Procuradoria-Geral da República.

O Conselho Superior da Magistratura e o Conselho Superior dos Tribunais Administrativos e Fiscais também distribuem os magistrados pelos locais de função, protegendo a respectiva independência (técnica, etc.) e garantindo o bom funcionamento da estrutura interna. No Ministério Público, essa função é assumida pela Procuradoria-Geral da República.

Os conselhos integram membros indicados pelo poder judicial ou pelo Ministério Público (conforme o caso), pelo Presidente da República e pela Assembleia da República.

No exercício das funções disciplinares relativas a magistrados, os conselhos recebem quaisquer participações e apreciam-nas obrigatoriamente. Uma pessoa pode dirigir-se-lhes oralmente ou por escrito. Não lhes chegam apenas reclamações feitas de forma directa pelos cidadãos, mas também contactos institucionais que não devam ser feitos directamente aos juízes, queixas apresentadas a um órgão governamental, ao Provedor de Justiça, etc.

Uma queixa feita a um conselho superior não exclui a possibilidade de um processo judicial contra o magistrado em causa, se estiverem reunidos os respectivos pressupostos legais, geralmente fundados numa falha grave que se pode traduzir em responsabilidade criminal ou civil. A queixa ao conselho lida apenas com a matéria disciplinar e pode, aliás, ter que ver com actos cometidos fora da profissão, mas que ofendam princípios deontológicos (por exemplo, abusos de poder).

Por último, não é preciso que haja interesse individual directo no assunto. Um cidadão pode tomar a iniciativa de defender o que entende ser a dignidade de uma profissão vital para a sociedade.

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O respeito pelas decisões dos tribunais é um dever cívico para o cidadão e uma obrigação política e administrativas para as autoridades pública. O seu incumprimento pode implicar sanções que dependem da decisão em causa.

Em princípio, para alguém sofrer consequências é necessário que, efectivamente, não adopte uma conduta que lhe foi imposta pelo tribunal. Pode, inclusivamente, incorrer em crime de desobediência. É o que acontece se alguém não entrega uma criança quando o tribunal lho ordenou ou se o fiel depositário numa penhora — com frequência, o próprio devedor — sonega ou vende os bens.

Quando o receio de que alguém não cumpra uma decisão judicial suscite numa terceira pessoa receio de lesões graves e dificilmente reparáveis, ela pode requerer uma providência cautelar que imponha medidas para garantir o seu direito. Decidida favoravelmente a providência, o seu não cumprimento implica o crime de desobediência.

Se uma pessoa mentir em tribunal — isto é, não respeitar o dever de contar a verdade em tribunal —, o crime é de falsas declarações. Já quando a pessoa se recusa simplesmente a depor, não cumprindo o dever geral de testemunhar, o crime é de desobediência. As únicas excepções a esse dever dizem respeito ao arguido num processo (e aos familiares próximos) bem como às pessoas abrangidas pelo dever de sigilo profissional, nomeadamente médicos, advogados, jornalistas e religiosos. O sigilo religioso, note-se, tem sempre valor absoluto, pelo que nunca pode o tribunal ordenar o levantamento do sigilo. Já quanto às outras formas, esta possibilidade existe. Se um tribunal de 1.ª instância entender que é absolutamente necessário e justificado levantar o sigilo profissional de um médico ou advogado, suscita a questão junto do tribunal imediatamente superior, que tomará a decisão.

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Existe um dever geral de colaborar com a justiça.

Aplica-se tanto aos indivíduos como às pessoas colectivas (empresas, associações, etc.) e aos próprios órgãos do Estado (autoridades públicas). Convém notar que, se houver um conflito entre obrigações para com entidades diversas, os tribunais estão à frente no que respeita ao cumprimento das respectivas decisões.

A lei regula os termos da execução das decisões dos tribunais relativamente a qualquer autoridade e determina as sanções a aplicar aos responsáveis pela ausência ou deficiente cumprimento daquelas decisões.

Desde logo, a colaboração com a justiça traduz-se no cumprimento de ordens judiciais. Essas ordens podem ser de tipo muito diferente: da entrega de um menor ao arresto de bens, passando pela obrigação de se abster de determinado comportamento ou frequentar determinados lugares. Tanto os comportamentos omissivos (simplesmente não cumprir a ordem) quanto os activos (impedir o cumprimento, por exemplo escondendo bens penhorados) podem corresponder a formas de frustrar a decisão judicial.

Outra forma essencial de colaborar com a justiça é a prestação de testemunho em tribunal. É uma colaboração na descoberta de factos e só em casos muito limitados se admite recusa — por exemplo, se se tratar de alguém arguido no processo ou de matéria abrangida por segredo profissional. A recusa de colaboração, quando esta é devida, pode ter consequências a nível penal, civil e disciplinar. 

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A divisão base da organização judiciária é entre tribunais judiciais (aos quais cabe julgar a generalidade das questões, por isso também chamados «tribunais comuns») e tribunais administrativos e fiscais. Existem ainda o Tribunal Constitucional e o Tribunal de Contas, os tribunais arbitrais e os julgados de paz. Por fim, durante a vigência do estado de guerra constituem-se tribunais militares com competência para o julgamento de crimes ligados à actividade militar.

Nos tribunais comuns, há uma organização hierárquica que permite apreciar uma causa a vários níveis: tribunais judiciais de 1.ª e de 2.ª instância — estes últimos chamam-se tribunais da Relação — e o Supremo Tribunal de Justiça. (Note-se que nem todas as causas podem chegar ao Supremo Tribunal de Justiça). 

Também a ordem dos tribunais administrativos está hierarquicamente organizada: o Supremo Tribunal Administrativo é o órgão superior, havendo tribunais de 1.ª instância (tribunais administrativos e fiscais) e de 2.ª instância (tribunais centrais administrativos).

Para cada um destes tipos de tribunais, existe legislação que trata da organização, gestão e disciplina dos magistrados que aí exercem actividade. O Estatuto dos Magistrados Judiciais (juízes) serve como referência aos demais estatutos de magistrados. A cada ordem de tribunais, corresponde um órgão de gestão e disciplina diferenciado: o Conselho Superior da Magistratura (CSM) e o Conselho Superior dos Tribunais Administrativos e Fiscais (CSTAF).

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O TPI é um tribunal permanente, sediado em Haia e com estatuto de organização internacional, que foi criado em 2002 para o julgamento de crimes de maior gravidade, como os crimes de genocídio, crimes contra a humanidade, crimes de guerra e crime de agressão.

O tribunal só pode analisar e julgar actos praticados por indivíduos, e não por instituições ou empresas, mas a sua competência mantém-se quanto a actos praticados em nome ou por conta de um Estado ou por pessoas que exerçam qualquer cargo público. 
No entanto, a responsabilidade penal dos indivíduos não exclui a responsabilidade internacional dos Estados, de natureza compensatória, pelos mesmos actos, a qual deverá ser analisada e decidida por outras instituições jurisdicionais.
A participação das vítimas nos processos do TPI é permitida pelo Estatuto, podendo estas influenciar o decurso do processo nas suas várias fases e obter ressarcimento pelos danos sofridos, em caso de condenação do autor do crime.

Em princípio, o TPI só tem jurisdição sobre crimes cometidos por nacionais dos Estados Partes ou no território destes (mesmo que por estrangeiros). Contudo, ainda que estes requisitos não estejam reunidos, o tribunal terá sempre jurisdição sobre situações que sejam denunciadas ao Procurador pelo Conselho de Segurança das Nações Unidas.

A jurisdição do TPI é complementar face à jurisdição penal dos Estados Partes, pelo que o tribunal só intervirá se os Estados que têm jurisdição sobre os factos não os investigarem e não iniciarem os procedimentos penais adequados, seja por incapacidade seja por falta de vontade de agir. Por isso mesmo, na articulação entre as várias instituições potencialmente competentes, podem levantar-se problemas delicados relacionados com as regras constitucionais relativas à extradição de cidadãos nacionais, aos limites das penas (p.e., a proibição da prisão perpétua) e às imunidades e prerrogativas penais dos titulares de cargos públicos.  A solução portuguesa passou pela reforma de uma regra constitucional que prevê o reconhecimento da jurisdição do TPI.

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