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A FFMS nasceu em 2009, fundada por Alexandre Soares dos Santos e família, para estudar os grandes problemas nacionais e levá-los ao conhecimento da sociedade.
A criação da Fundação Francisco Manuel dos Santos visa dar resposta a uma lacuna óbvia na sociedade portuguesa: apesar da frequência com que no espaço público se discutem as mais variadas matérias, o debate em Portugal parece estar sempre mais apoiado em opiniões subjetivas e perceções individuais do que em dados sólidos e investigações cuidadosas.