Não.
Desde logo porque os tribunais são órgãos de soberania e entende-se que a função do Estado na administração da justiça tem de estar reservada a uma organização judiciária unitária e nacional. Assim, os tribunais nas regiões autónomas inserem-se na mesma divisão territorial do Continente.
No entanto, no que respeita à organização e gestão dos tribunais o Governo Regional assume algumas competências que ao nível nacional estão atribuídas ao Ministério da Justiça, pelo que existe nesse âmbito algum grau de autonomia (por ex., com o estabelecimento da Direcção Regional da Administração da Justiça).
CONST
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Constituição da República Portuguesa, artigos 110.º; 161.º; 202.º; 227.º; 284.º
Lei n.º 39/80, de 5 de Agosto
Lei n.º 13/91, de 5 de Junho