O Ministério Público goza de autonomia em relação aos órgãos dos poderes central, regional e local. Assim, uma forte componente da sua autonomia é a independência relativamente ao poder político.
A actuação do Ministério Público deve obedecer a «critérios de legalidade e objectividade». Quer isto dizer que se baseia na lei (incluindo nas leis da Assembleia que definem, para cada biénio, os objectivos, prioridades e orientações no âmbito da política criminal), e não em orientações políticas; e que é objectiva, não comprometida com a obtenção de certos resultados predefinidos (por exemplo, um certo número de condenações). Assim se explica que, por exemplo, no processo penal, não seja função do Ministério Público lutar a todo o custo pela condenação do arguido, mas sim descobrir a verdade e, portanto, se entender que é inocente, pronunciar-se pela sua absolvição ou recorrer a favor dele.
A autonomia do Ministério Público caracteriza-se ainda pelo facto de os seus magistrados estarem sujeitos exclusivamente às directivas, ordens e instruções previstas no Estatuto do Ministério Público. Todavia, a autonomia do Ministério Público não equivale à independência dos juízes. Os magistrados do Ministério Público são hierarquicamente subordinados, tendo o dever de dar cumprimento às directivas, ordens e instruções dos seus superiores. Na cúpula dessa hierarquia está a Procuradoria-Geral da República, presidida pelo Procurador-Geral da República, que é nomeado e exonerado pelo Presidente da República, sob proposta do governo.
CRIM
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Constituição da República Portuguesa, artigos 203.º, 219.º e 220.º
Lei n.º 68/2019, de 27 de agosto, alterada pela Lei n.º 2/2020, de 31 de março