Os juízes são independentes e autónomos, mas isso não significa que a sua actividade não seja fiscalizada. A magistratura judicial tem um controlo institucional próprio, realizado através do Conselho Superior da Magistratura e do Conselho Superior dos Tribunais Administrativos e Fiscais. Entre outras funções, cabe a esses órgãos controlar e disciplinar as magistraturas, garantindo igualmente a independência deles face a outros poderes do Estado.

Os juízes são submetidos a inspecções periódicas, realizadas por inspectores escolhidos entre juízes com determinada antiguidade e classificação, geralmente juízes desembargadores (colocados em tribunais de 2.ª instância). Estas inspecções incidem principalmente na classificação dos juízes (inspecções ao mérito), mas também têm em conta elementos em matéria disciplinar.

Os critérios de avaliação de qualidade têm de ser o mais objectivos possível e não podem questionar a liberdade de decisão. Em princípio, não se pode questionar o próprio sentido das decisões, embora se deva examinar se foram fundamentadas e estão conformes aos requisitos formais. De qualquer modo, os critérios que normalmente predominam têm que ver com o tempo de duração dos processos e a taxa de redução de pendências — ou seja, com volume e rapidez de trabalho. Existem ainda outros critérios relacionados com a competência técnica, o relacionamento humano, o comportamento ético ou a organização do trabalho, e que se encontram previstos em regulamentos de inspecção.

Para avaliar a qualidade das decisões judiciais, há quem utilize a percentagem de recursos — e em particular, a dos que recebem provimento —, mas esse critério é muito contestado, até pelo seu carácter relativamente aleatório. Outros aspectos a considerar são a forma de condução nas audiências de julgamento, a atitude dos juízes para com as pessoas que aparecem perante ele e a própria formação contínua dos magistrados. Se for avaliado como medíocre, é instaurado um inquérito, no âmbito do qual pode ser determinada a suspensão do exercício de funções.

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