Os órgãos de direcção técnica e os demais órgãos do hospital, e também o modo e o exercício da actividade administrativa e de gestão variam conforme os hospitais em causa pertencerem ou não ao sector público. No caso de pertencerem ao sector empresarial do Estado são designados hospitais E.P.E.. O conselho de administração integra os órgãos de administração de um hospital E. P. E. e é, composto pelo presidente e por um máximo de seis vogais, como membros executivos. Nesses membros executivos estão presentes pelo menos um director clínico e o enfermeiro-director. O modelo organizativo em cada hospital também depende do seu regulamento interno.

Além dos hospitais, existem os agrupamentos de centros de saúde (ACES), serviços de saúde desconcentrados da respectiva administração regional de saúde, dotados de autonomia administrativa e patrimónios próprios, constituídos por várias unidades funcionais que integram um ou mais centros de saúde. Têm por missão garantir a prestação de cuidados de saúde primários à população de determinada área geográfica. Os ACES são dirigidos por um director executivo, e cada ACES tem um conselho clínico e de saúde, presidido por um médico da especialidade de medicina geral e familiar e um máximo de quatro vogais, sendo, pelo menos, um médico da especialidade de saúde pública, um enfermeiro habilitado com o título de enfermeiro especialista e um técnico superior de saúde ou do serviço social ou técnico superior de diagnóstico e terapêutica. Todos estes profissionais de saúde devem ter funções no respetivo ACES. Por outro lado, o coordenador da unidade — médico como qualquer outro — gere a parte clínica e responde perante o director executivo do ACES.

Existem ainda unidades de recursos assistenciais partilhados, integradas nos ACES que prestam cuidados de saúde e serviços de consultoria às demais unidades funcionais do ACES, promovendo a articulação com os cuidados hospitalares e com outros recursos da comunidade, sendo compostas por médicos de especialidades hospitalares, psicólogos, nutricionistas, fisioterapeutas, terapeutas da fala e ocupacionais, médicos dentistas, etc.

A gestão dos recursos humanos e financeiros está concentrada numa empresa, Serviços Partilhados do Ministério da Saúde (SPMS, EPE ), que inclui uma central de compras. Assegura a prestação de serviços partilhados em matéria de compras e logística e de serviços financeiros e recursos humanos aos estabelecimentos e serviços do Serviço Nacional de Saúde, bem como aos órgãos e serviços do Ministério da Saúde e a quaisquer outras entidades quando executem actividades específicas na área da saúde.

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