O Presidente da República é, por inerência, o Comandante Supremo das Forças Armadas. Isso significa que ocupa a posição institucional mais elevada no domínio militar, embora não dirija a atividade diária das Forças Armadas nem decida sozinho sobre a defesa nacional.

Enquanto Comandante Supremo das Forças Armadas, o Presidente da República exerce as competências que a Constituição e a lei lhe atribuem. Cabe-lhe, designadamente, presidir ao Conselho Superior de Defesa Nacional, nomear e exonerar as principais chefias militares, sob proposta do Governo, e declarar a guerra ou fazer a paz, sob proposta do Governo, ouvido o Conselho de Estado e mediante autorização da Assembleia da República.

Este título não significa que o Presidente exerça o comando operacional quotidiano das Forças Armadas. A condução da política de defesa nacional cabe ao Governo, que responde politicamente perante a Assembleia da República. O Ministro da Defesa Nacional assegura a elaboração e a execução dessa política no âmbito do Governo.

O comando das Forças Armadas cabe ao Chefe do Estado-Maior-General das Forças Armadas, que é o chefe de mais elevada autoridade na respetiva hierarquia. Os chefes do Estado-Maior da Armada, do Exército e da Força Aérea comandam os respetivos ramos e dependem hierarquicamente daquele para os assuntos militares.

A defesa nacional destina-se a garantir a soberania do Estado, a independência nacional e a integridade territorial de Portugal, bem como a liberdade e a segurança das populações contra agressões ou ameaças externas. Visa ainda assegurar o cumprimento dos compromissos internacionais assumidos pelo Estado no domínio militar.

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