Tanto a magistratura do Ministério Público (com excepção do Procurador-Geral da República) como a judicial estão submetidas a órgãos a quem compete nomear, colocar, transferir, promover, exonerar, apreciar o mérito profissional, exercer o poder disciplinar e, em geral, praticar actos que tenham os magistrados por destinatários: no caso da primeira, a Procuradoria-Geral da República; no da segunda, o Conselho Superior da Magistratura e o Conselho Superior dos Tribunais Administrativos e Fiscais.

A Procuradoria-Geral da República exerce a sua competência disciplinar e de gestão de quadros por intermédio do Conselho Superior do Ministério Público. Este órgão é composto pelo Procurador-Geral da República, procuradores-gerais distritais, um procurador-geral-adjunto, seis procuradores da República, bem como por cinco membros eleitos pela Assembleia da República e duas personalidades de reconhecido mérito designadas pelo Ministro da Justiça.

O Conselho Superior da Magistratura, definido pela lei como o «órgão superior de gestão e disciplina da magistratura judicial», é presidido pelo Presidente do Supremo Tribunal de Justiça e composto ainda pelos seguintes vogais: dois designados pelo Presidente da República, sete eleitos pela Assembleia da República e sete magistrados judiciais eleitos pelos seus pares.

Os tribunais administrativos e fiscais têm o seu próprio órgão de gestão e disciplina, o Conselho Superior dos Tribunais Administrativos e Fiscais, composto pelo Presidente do Supremo Tribunal Administrativo e por dois vogais designados pelo Presidente da República, quatro eleitos pela Assembleia da República e quatro magistrados judiciais eleitos pelos seus pares segundo o princípio da representação proporcional.

Dada a elevada importância da actuação destes conselhos na área da Justiça, grande parte das regras relativas à sua competência e composição encontram-se expressamente previstas não apenas na lei ordinária, mas na Constituição da República Portuguesa.

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