Não. Uma região autónoma não pode organizar, por iniciativa própria, um referendo sobre a sua independência. As Assembleias Legislativas apenas podem propor referendos sobre questões de relevante interesse específico regional, e a independência de parte do território português não se inclui nesse âmbito.
A autonomia política e administrativa dos Açores e da Madeira exerce-se no quadro da Constituição e não afeta a integridade da soberania do Estado. Portugal é um Estado unitário e a independência nacional e a unidade do Estado constituem limites que nem uma revisão constitucional pode, em tese, eliminar.
Além disso, as regiões autónomas não podem convocar referendos por decisão própria. A respetiva Assembleia Legislativa pode apenas apresentar uma proposta de referendo regional. Compete ao Presidente da República decidir se o convoca, depois de o Tribunal Constitucional verificar obrigatoriamente a constitucionalidade e a legalidade da proposta.
Um referendo regional sobre a independência seria, assim, inconstitucional: não teria por objeto uma questão compreendida nas competências da região e colocaria em causa a unidade do Estado.
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Constituição da República Portuguesa, artigos 6.º, 115.º, 225.º, n.º 3, 232.º, n.º 2, e 288.º, alínea a),
Lei Orgânica n.º 2/2015, de 12 de fevereiro, artigos 1.º a 3.º, 5.º, 11.º e seguintes,
Estatuto Político-Administrativo da Região Autónoma dos Açores,
Estatuto Político-Administrativo da Região Autónoma da Madeira.