Os planos especiais de ordenamento do território, elaborados pela administração central (governo), estabelecem regimes de salvaguarda de recursos e valores naturais e de gestão compatíveis com a utilização sustentável do território. Cada um desses planos vigora enquanto for indispensável a tutela do interesse especial que protege e abrange a área necessária para tal.

Existem planos de ordenamento das áreas protegidas (por exemplo, o Parque Nacional da Peneda-Gerês ou o Parque Natural da Arrábida), planos de albufeiras de águas públicas (como o Alqueva, Pedrogão ou Castelo de Bode), planos de ocupação da orla costeira (o de Ovar-Marinha Grande, que abrange a Reserva Natural das Dunas de S. Jacinto, e o de Sines-Burgau, no Sudoeste alentejano e na Costa Vicentina) e planos de ordenamento dos estuários (como o do estuário do rio Vouga). Já quanto aos planos de ordenamento de parques arqueológicos, a lei não é clara, pelo que será mais seguro considerar que se trata de planos sectoriais, não especiais.

Os planos sectoriais — geralmente ligados a transportes, comunicações, energia, turismo, habitação e saúde, e também à localização e realização de grandes empreendimentos públicos — distinguem-se dos especiais. Só estes vinculam diretamente os particulares. 

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