O cardeal-patriarca de Lisboa D. Manuel Gonçalves Cerejeira afasta o padre José Felicidade Alves das suas funções de pároco de Santa Maria de Belém e de São Francisco Xavier. O processo contra o padre teve origem na sua exposição ao Conselho Paroquial de Belém, intitulada «Perspectivas atuais da transformação nas estruturas da Igreja» (19 de abril). A suspensão é controversa e leva membros do Conselho Paroquial de Belém, 121 padres e 680 leigos da Diocese de Lisboa a escreverem uma carta de protesto a Cerejeira. O padre Felicidade Alves é suspenso das tarefas sacerdotais, mais tarde casa civilmente e acabará excomungado a 8 de agosto de 1970. A prisão do padre Felicidade Alves pela PIDE, sob a acusação de envolvimento na contestação à política ultramarina, leva cerca de 300 militantes católicos a manifestarem-se em frente ao Patriarcado de Lisboa, onde encontraram uma contramanifestação. Felicidade Alves participa no grupo Amigos da Concilium e na Comunidade Interdiocesana para o Diálogo e ação do Clero (CIDAC). É um dos fundadores do grupo de reflexão católico designado Grupo de Estudos e Intercâmbio de Documentos (GEDOC) e integra a Comissão Nacional de Socorro aos Presos Políticos (CNSPP). Em novembro de 1969, será um dos membros da delegação portuguesa à Assembleia Europeia de Padres, realizada em Roma. Vai-se tornando o rosto da contestação de alguns sacerdotes à cumplicidade da hierarquia da Igreja com o regime, pelo que o seu afastamento e punição assumiram uma dimensão política que extravasou o campo eclesiástico.