O início de um processo-crime não depende sempre de uma queixa. No sistema português, a iniciativa de investigar um crime e a decisão de o levar a julgamento pertencem em regra a entidades públicas agindo no interesse da comunidade e não a privados, nomeadamente ao ofendido. Assim, é ao Ministério Público que cabe promover o processo penal, e tem o dever de o fazer sempre que receba notícia da prática de um crime.

Estas regras têm limitações nos crimes particulares e nos crimes semipúblicos. Por serem crimes de reduzida importância (por ex., certas ofensas corporais e danos patrimoniais ligeiros, pequenos furtos, injúrias, difamações) ou crimes cuja apreciação em tribunal, com a publicidade inerente e o possível confronto com o agressor, poderia representar, para o ofendido, uma «segunda vitimização» (será o caso do furto entre parentes ou de certos crimes sexuais), a lei entendeu que só devem ser objecto de um processo quando seja apresentada queixa pelo ofendido, pelos seus representantes ou pelos seus sucessores.

Por outro lado, o facto de o Ministério Público acabar por entender que não houve crime não impede necessariamente o processo de continuar.

Embora a regra seja a de que é ao Ministério Público que compete deduzir acusação e só possa fazê-lo se recolher indícios suficientes de que certa pessoa cometeu um crime, há uma excepção nos crimes particulares. Nestes, além de o processo depender de uma queixa, o seu prosseguimento depende de uma acusação particular. O queixoso pode fazê-lo ainda que o Ministério Público considere não ter havido crime ou não ter sido o arguido o seu autor.

Em segundo lugar, qualquer que seja o crime em causa, se o processo estiver a ser tramitado na forma comum (mas não numa forma menos solene), pode requerer-se a instrução, uma fase intermédia entre o inquérito e o julgamento, que visa a comprovação, por um juiz, da decisão de deduzir acusação ou arquivar o inquérito, em ordem a submeter ou não a causa a julgamento. Esta fase tem lugar apenas se for requerida pelo arguido (caso ele tenha sido acusado no fim do inquérito) ou pelo assistente (caso o processo tenha sido arquivado ou o Ministério Público tenha deduzido acusação, mas não por todos os factos que o assistente entende deverem ser levados a julgamento). No último caso, o juiz de instrução pode decidir pelo prosseguimento do processo apesar de o Ministério Público ter entendido que isso não deveria acontecer.

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