A divisão base da organização judiciária é entre tribunais judiciais (aos quais cabe julgar a generalidade das questões, por isso também chamados «tribunais comuns») e tribunais administrativos e fiscais. Existem ainda o Tribunal Constitucional e o Tribunal de Contas, os tribunais arbitrais e os julgados de paz. Por fim, durante a vigência do estado de guerra constituem-se tribunais militares com competência para o julgamento de crimes ligados à actividade militar.

Nos tribunais comuns, há uma organização hierárquica que permite apreciar uma causa a vários níveis: tribunais judiciais de 1.ª e de 2.ª instância — estes últimos chamam-se tribunais da Relação — e o Supremo Tribunal de Justiça. (Note-se que nem todas as causas podem chegar ao Supremo Tribunal de Justiça). 

Também a ordem dos tribunais administrativos está hierarquicamente organizada: o Supremo Tribunal Administrativo é o órgão superior, havendo tribunais de 1.ª instância (tribunais administrativos e fiscais) e de 2.ª instância (tribunais centrais administrativos).

Para cada um destes tipos de tribunais, existe legislação que trata da organização, gestão e disciplina dos magistrados que aí exercem actividade. O Estatuto dos Magistrados Judiciais (juízes) serve como referência aos demais estatutos de magistrados. A cada ordem de tribunais, corresponde um órgão de gestão e disciplina diferenciado: o Conselho Superior da Magistratura (CSM) e o Conselho Superior dos Tribunais Administrativos e Fiscais (CSTAF).

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