O cidadão deve pagar a taxa de portagem voluntariamente depois da passagem na auto-estrada. Se não o fizer, a Autoridade Tributária pode instaurar um processo para exigir essa quantia.

Nos pórticos de portagem, o pagamento normal é feito com a simples passagem, através de um dispositivo electrónico. Se o automóvel não tiver o dispositivo electrónico necessário a tal pagamento, a cobrança da taxa de portagem é realizada com recurso à imagem da matrícula do veículo, devendo ser regularizada no regime de pós-pagamento, junto dos balcões dos CTT e da rede Payshop até 5 dias úteis após a passagem (alternativa disponível apenas para veículos com matrícula nacional). Nesta modalidade, à taxa de portagem devida acrescem custos administrativos. O valor dos montantes em dívida para determinada matrícula pode ser consultado no portal portagens.ctt.pt.

Na ausência de pagamento, a concessionária notifica o condutor ou, não sendo possível identificá-lo pelas imagens recolhidas aquando da passagem no pórtico, o proprietário do veículo (que poderá, por sua vez, identificar o condutor) para que, no prazo de 30 dias úteis, proceda ao pagamento.

Em caso de incumprimento, o condutor, ou o proprietário do veículo, pratica uma contra-ordenação e fica sujeito ao pagamento de uma coima. Quando o proprietário do veículo invoque que não era o condutor do veículo no momento da prática da contraordenação, a responsabilidade pelo pagamento da coima será, consoante os casos, o proprietário, o adquirente com reserva de propriedade, o usufrutuário, o locatário em regime de locação financeira ou o detentor do veículo, devendo fazê-lo no prazo de 30 dias. O processo de cobrança é da competência da Autoridade Tributária, que pode iniciar um processo de execução para obter o pagamento forçado dos valores devidos - nesta fase, além da taxa de portagem, os juros referentes ao atraso no pagamento, as taxas administrativas, a coima e os custos do processo contra-ordenacional.

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