É professor catedrático de Física Teórica no Imperial College, em Londres, para onde emigrou há 30 anos, e investigador e professor convidado na Universidade La Sapienza, em Roma.
Licenciou-se em Física na Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa e prosseguiu os estudos no Reino Unido para se especializar em Cosmologia, concluindo o mestrado e o doutoramento na Universidade de Cambridge. Foi investigador na mesma instituição e cientista convidado nas Universidades de Princeton e de Berkeley, nos EUA.
Em 2003, publicou “Mais Rápido que a Velocidade da Luz”, onde questiona um dos pilares da Teoria da Relatividade de Albert Einstein ao propor que a velocidade da luz não terá sido constante logo após o início da formação do Universo. Esta visão alternativa da origem do cosmos, conhecida como Teoria da Velocidade Variável da Luz, motivou o episódio especial do Discovery Science Channel “João Magueijo’s Big Bang”.
Foi, ainda, investigador no Instituto Perimeter de Física Teórica, no Canadá, onde permaneceu dois anos. A experiência inspirou-o a escrever “Olifaque” (2017), um retrato da identidade cultural da comunidade emigrante portuguesa naquele país.