A Assembleia Legislativa e o Governo Regional são os órgãos de governo próprio de cada região autónoma.
A Assembleia Legislativa é eleita pelos cidadãos da região por sufrágio universal, direto e secreto, segundo o princípio da representação proporcional. Compete-lhe, designadamente, aprovar o orçamento regional, o plano de desenvolvimento económico e social e as contas da região, legislar nas matérias em que a região tenha competência e adaptar o sistema fiscal nacional às especificidades regionais, nos termos da lei. Pode também apresentar propostas de referendo regional.
O Governo Regional é o órgão executivo da região e responde politicamente perante a Assembleia Legislativa. O seu presidente é nomeado pelo Representante da República, tendo em conta os resultados eleitorais, e os restantes membros são nomeados e exonerados pelo Representante da República, sob proposta do presidente do Governo Regional.
Compete ao Governo Regional executar as políticas regionais, exercer os poderes administrativos da região e aprovar os decretos regulamentares regionais necessários à execução da legislação.
O Representante da República não é um órgão de governo próprio da região autónoma. Representa a República em cada região e exerce as competências que lhe são atribuídas pela Constituição.
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Constituição da República Portuguesa, artigos 227.º, 231.º e 232.º,
Estatuto Político-Administrativo da Região Autónoma dos Açores,
Estatuto Político-Administrativo da Região Autónoma da Madeira.