Os programas especiais constituem um meio de intervenção do Governo e visam a prossecução de objetivos considerados indispensáveis à tutela de interesses públicos e de recursos de relevância nacional com repercussão territorial, estabelecendo exclusivamente regimes de salvaguarda de recursos e valores naturais, através de medidas que estabeleçam ações permitidas, condicionadas ou interditas em função dos objetivos de cada programa, prevalecendo sobre os planos territoriais de âmbito intermunicipal e municipal.

Os programas especiais de ordenamento do território são elaborados e aprovados pelo Governo e são instrumentos de gestão territorial que visam a prossecução de interesses nacionais específicos. Têm um conteúdo essencialmente negativo, estabelecendo regimes de salvaguarda de recursos e valores naturais, determinando as ações permitidas, condicionadas ou interditas em função dos objetivos dos programas. 

Estes programas compreendem os programas da orla costeira, programas das áreas protegidas, programas de albufeiras de águas públicas e os programas dos estuários. Consideram-se ainda programas especiais os planos de ordenamento dos parques arqueológicos. Os programas especiais visam, exclusivamente: (i) a salvaguarda de objetivos de interesse nacional com incidência territorial delimitada; e (ii) a garantia das condições de permanência dos sistemas indispensáveis à utilização sustentável do território.

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