Sem dar uma resposta directa ou determinar um mecanismo específico para resolver um conflito que surja entre os governos das Regiões Autónomas e o governo do país, a Constituição da República Portuguesa contém diversas normas que tentam acautelar tal situação.

Por regra, qualquer tipo de conflito entre os respectivos governos deve ser resolvido pelos princípios da cordialidade, cooperação e solidariedade, que devem pautar o funcionamento institucional do Estado de direito democrático.
Sem dar uma resposta directa ou determinar um mecanismo específico para resolver um conflito que surja entre os governos das Regiões Autónomas e o governo do país, a Constituição da República Portuguesa contém diversas normas que tentam acautelar tal situação, convocando os órgãos de soberania a assegurar, em ligação aos órgãos de governo próprio, o desenvolvimento económico e social das Regiões Autónomas, visando em especial a correcção das desigualdades resultantes da insularidade.
A Constituição impõe aos órgãos de soberania o dever de audição dos órgãos de governo próprio das Regiões Autónomas, relativamente às questões da sua competência respeitantes às Regiões. As Regiões devem ser ouvidas sempre que em causa esteja matéria que as afecte e acerca da qual não possam legislar — por exemplo, o regime de finanças das Regiões Autónomas, sobre o qual só a Assembleia da República pode legislar.
A Constituição prevê que o governo da República e os governos regionais possam acordar outras formas de cooperação, por exemplo mediante actos de delegação de competências, estabelecendo-se em cada caso a correspondente transferência de meios financeiros e os mecanismos de fiscalização aplicáveis.
Ao representante da República para cada uma das Regiões, cabe um papel particular, sobretudo em matéria de fiscalização político-jurídica de diplomas legais, quando haja atritos politicamente sensíveis entre os governos da República e da Região. Esse representante é nomeado e exonerado pelo presidente da República ouvido o governo, e o seu mandato, salvo exoneração, tem a duração do mandato do presidente da República.

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