Formou-se na Faculdade de Arquitetura da Universidade Técnica de Lisboa, em 1986. Mas, três anos antes, já colaborava com o Arquiteto Gonçalo Byrne.
Em 1988, começou a desenvolver projetos com o seu irmão Francisco, uma parceria que resultou na criação do atelier Aires Mateus.
Desde o início da década de 1990 que a quantidade de trabalho tem sido prolífica, com projetos de uma dimensão tal que lhe trouxeram diversos prémios de arquitetura nacionais e internacionais.

A visibilidade do seu trabalho originou convites para realizar conferências e lecionar em várias instituições internacionais, como a Graduate School of Design em Harvard, a Accademia de Arquitetura de Mendrisío, entre outras instituições de ensino superior em Portugal.
Em 2006, recebeu o grau de Comendador da Ordem do Infante D. Henrique e, em 2017, foi galardoado com o Prémio Pessoa.