A gestão dos tribunais é repartida por diferentes órgãos. Nos tribunais judiciais de primeira instância, é assegurada, em cada comarca, pelo juiz presidente, pelo magistrado do Ministério Público coordenador e pelo administrador judiciário, que integram o conselho de gestão, sem prejuízo das competências do Conselho Superior da Magistratura, do Conselho Superior do Ministério Público e do Ministério da Justiça. Nos tribunais administrativos e fiscais existe um modelo semelhante.

A função de julgar é exercida pelos juízes. Junto dos tribunais exercem também funções os magistrados do Ministério Público e os oficiais de justiça, que asseguram a tramitação dos processos e o funcionamento das secretarias. Outros profissionais, como advogados, solicitadores, agentes de execução e peritos, podem intervir nos processos, mas não integram o tribunal enquanto órgão.

Nos tribunais judiciais de primeira instância, cada comarca tem um juiz presidente, um magistrado do Ministério Público coordenador e um administrador judiciário. O juiz presidente exerce funções de representação e direção, gestão processual, administrativa e funcional. O magistrado do Ministério Público coordenador dirige e coordena a atividade do Ministério Público na comarca. O administrador judiciário exerce funções de gestão administrativa e dos serviços, atuando, em regra, sob a orientação genérica do juiz presidente e, nas matérias respeitantes exclusivamente ao Ministério Público, sob a orientação do respetivo magistrado coordenador.

Os três integram o conselho de gestão da comarca, ao qual compete, nomeadamente, acompanhar os resultados dos serviços, aprovar o projeto de orçamento e acompanhar a sua execução e aprovar o relatório anual de gestão.

Nos tribunais administrativos e fiscais existe um modelo semelhante. Em cada zona geográfica existe um presidente e um administrador judiciário e funciona um conselho de gestão constituído pelo juiz presidente, pelo magistrado do Ministério Público coordenador e pelo administrador judiciário. No Supremo Tribunal Administrativo e nos tribunais centrais administrativos existem conselhos de administração.

A gestão administrativa dos tribunais não pode interferir com a independência dos juízes. A nomeação, colocação, transferência, avaliação e disciplina dos magistrados pertencem aos respetivos órgãos de gestão das magistraturas, nos termos da lei.

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