Elementos do BE denunciam os níveis elevados de poluição no rio Lis. A percentagem de coliformes totais, isto é, bactérias que indiciam poluição, detetados no rio Lis, em maio de 2010, registou um aumento de 845% na nascente, 519% na foz, na Praia da Vieira, e 246% na Ribeira dos Milagres, em relação aos valores apurados pela associação ambientalista Oikos durante o ano de 2009. Os ambientalistas apontam os suinicultores como os responsáveis pela poluição do curso de água, nos concelhos de Leiria e da Marinha Grande, pondo em causa a época balnear na Praia da Vieira. Episódios como o do rio Lis, ou a morte em massa de peixes, são recorrentes em Portugal ao longo das últimas décadas.